Diagnostyka molekularna przy użyciu metody PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) polega na powieleniu konkretnego fragmentu materiału genetycznego (DNA lub RNA).
Technika ta pozwala z dużą czułością i precyzją potwierdzić lub wykluczyć obecność chorobotwórczych patogenów w badanej próbce. Jest to szczególnie ważne w diagnostyce drobnoustrojów, których badanie metodami tradycyjnymi jest utrudniona np. diagnostyka Mycoplasm czy wirusów.

Nasze laboratorium posiada specjalistyczne wyposażenie umożliwiające wykonanie badań zarówno w technice Real Time PCR jak i PCR konwencjonalny. Do badań wykorzystujemy gotowe i zwalidowane zestawy odczynników firmy Kylt umożliwiające diagnostykę molekularną chorób bakteryjnych, wirusowych i pasożytniczych.

Oferta badań

  • Bakterie
  • Wirusy
  • Pasożyty
  • Obecność pałeczek Salmonella spp.
  • Obecność drobnoustrojów Mycoplasma synoviae - MS
  • Obecność drobnoustrojów Mycoplasma gallisepticum - MG
  • Różnicowanie szczepów szczepionkowych (MSH) oraz terenowych drobnoustrojów Mycoplasma synoviae – MS-H DIVA
  • Obecność drobnoustrojów Ornitobacterium rhinotracheale – ORT
  • Obecność drobnoustrojów Avibacterium paragallinarum (Coryza)
  • Obecność drobnoustrojów Campylobacter spp.
  • Identyfikacja czynników wirulencji Escherichia coli – APEC
  • Identyfikacja genów toksyn Clostridium perfringens
  • Obecność wirusa wywołującego zapalenie krtani i tchawicy - ILT
  • Obecność Adenowirusa grupy 1 – FADV-1
  • Obecność drobiowego Metapneumowirusa podtyp A i B – TRT A&B
  • Obecność drobiowego Paramyxowirusa – PMV-1, NDV
  • Obecność Reowirusa – REO
  • Obecność wirusa choroby Gumboro serotyp 1 – IBDV
  • Obecność kurzego astrowirusa – CastV
  • Obecność indyczego astrowirusa typ 1 i 2 – TastV
  • Obecność astrowirusa zapalenia nerek – ANV
  • Obecność Rotawirusa A i D – Rota A&D
  • Obecność wirusa zapalenia oskrzeli (Avian Coronavirus) - IBV
  • Obecność wirusa IBV oraz jego wariantów – IB panel
  • Obecność wariantu 4/91 wirusa IB – IB-4/91 (IB-793B)
  • Obecność wariantu Israel02 wirusa IB – IB-Israel02 (IB-Variant02)
  • Obecność wariantu Arkansas wirusa IB – IB-Arkansas
  • Obecność wariantu D1466 wirusa IB – IB-D1466
  • Obecność wariantu D274 wirusa IB – IB-D274
  • Obecność wariantu IB-80 wirusa IB – IB-80
  • Obecność wariantu Italy02 wirusa IB – IB-Italy02
  • Obecność wariantu Massachusetts wirusa IB – IB-Mass
  • Obecność wariantu Q1 wirusa IB – IB-Q1
  • Obecność wariantu QX wirusa IB – IB-QX (IB-D388)
  • Obecność wirusa choroby Mareka – MDV
  • Różnicowanie szczepu terenowego od szczepu szczepionkowego Rispens CVI988 choroby Mareka – MDV Rispens
  • Obecność pasożytów Histomonas meleagridis

W związku z elastycznym systemem pracy w naszym laboratorium jesteśmy otwarci na indywidualną współpracę w zakresie nowych kierunków badań.

Materiał do badań

  • narządy wewnętrzne
  • wymazy z narządów wewnętrznych
  • karty FTA
  • pióra
  • kurz z kurnika
  • wymazy środowiskowe/czystościowe
  • wyizolowane szczepy bakteryjne

Rodzaj pobranego materiału jest uzależniony od rodzaju szukanego patogenu.

Materiałem do badań mogą być:

KIERUNEK BADANIA POBIERANY MATERIAŁ
Reowirus wątroba, migdałki jelitowe, stawy, śledziona, żołądek
Identyfikacja czynników wirulencji Escherichia coli APEC serce, wątroba, śledziona, płuca, worki powietrzne, jajników, stawy, nerki, szpik kostny, mózg
Avibacterium paragallinarum zatoki, tchawica, worki powietrzne
Adenowirus grupy 1 wątroba, jelito, migdałki jelitowe, nerki, żołądek
Wirus zapalenia oskrzeli IBV tchawica, płuco, migdałki jelitowe, jajnik, nerki
Zapalenie krtani i tchawicy ILT tchawica, płuco
Gumboro IBDV bursa Fabrycjusza, śledziona, tkanki limfoidalne
Mycoplasma synoviae tchawica, płuca, zatoki, stawy, szpara podniebienna
Mycoplasma gallisepticum tchawica, płuca, zatoki, szpara podniebienna
Geny toksyn Clostridium perfringens Jelito
Paramyxowirus aPMV-1, NDV tchawica, jelito, płuca, wątroba, śledziona, mózg
Ornithobacterium rhinotracheale serce, zatoki, tchawica, płuca, worki powietrzne, stawy
Rotawirus jelito
Choroba Mareka pióra, żołądek, śledziona, wątroba, nerki, nerwy
Histomonas meleagridis jelito ślepe, wątroba
Metapneumowirus podtyp A i B Zatoki podniebienne, szpara podniebienna, tchawica, spojówka
Kurzy astrowirus CastV Jelito, migdałki jelitowe
Indyczy astrowirus TastV Jelito, migdałki jelitowe
Wirusowe zapalenie nerek ANV nerki, migdałki jelitowe, jelito

Prosimy o przesyłanie suchych wymazów, bez podłoży transportowych. W przypadku prób zbiorczych pulujemy maksymalnie 5 wymazów na jedno badanie. Zalecamy stosowanie wymazów szczoteczkowych (FloqSwabs, eSwabs itp.)

Instrukcja pobierania materiału na kartę FTA - Pobierz

Choroba Mareka

Prosimy zwracać uwagę aby pobrane pióra posiadały wilgotną dudkę. Można także przesyłać zabezpieczone pióra wraz z kawałkiem skóry, aby nie dopuścić do wysuszenia materiału.

Choroba Mareka, Histomonas meleagridis

Choroba Mareka, Salmonella spp.

ORT, APEC E. coli, C. perfringens, A. paragallinarum, Salmonella spp.

W celu ustalenia szczegółów oraz konsultacji prosimy o kontakt z laboratorium.

Metody badawcze

  • PCR konwencjonalny
  • Real-Time PCR
  • Sekwencjonowanie

PCR czyli reakcja łańcuchowej polimerazy (z ang. Polymeraze Chain Reaction) polega na powielaniu określonej sekwencji DNA w warunkach laboratoryjnych. Składa się z wielokrotnie powtarzanego cyklu trzech etapów: denaturacja, przyłączanie starterów, elongacja. Dobranie odpowiednich starterów komplementarnych do fragmentów matrycy znajdujących się na obu końcach interesującego nas genu pozwala namnożyć szukaną sekwencję. Uzyskane produkty reakcji rozdzielane są w żelu agarozowym w polu elektrycznym a następnie uwidaczniane w świetle UV przy pomocy barwnika. Uzyskanie świecącego prążka na odpowiedniej wysokości potwierdza obecność szukanego materiału genetycznego w wyizolowanej próbce.

Kierunki wykonywane tradycyjną metodą PCR w naszym laboratorium:

  • Avibacterium paragalinarum (Coryza)
  • Adenowirus grupy 1
  • indyczy astrowirus TastV
  • Identyfikacja czynników wirulencji Escherichia coli – APEC

Real-Time PCR, czyli inaczej PCR w czasie rzeczywistym, zwanym również kinetyczną reakcją PCR lub ilościową reakcją PCR(ang. quantitive PCR). Nie należy jej mylić z RT-PCR (ang. Reverse Transcription).

Technika ta jest jedną z modyfikacji reakcji łańcuchowej polimerazy. Głównymi zaletami tej reakcji jest bardzo wysoka czułość reakcji, a także możliwość monitoringu ilości produktów reakcji po każdym jednym cyklu. Stosując różne barwniki fluorescencyjne możemy analizować jednocześnie kilka sekwencji DNA w jednej próbce. Znakowane nukleotydy bądź sondy umożliwiają wgląd w kinetykę reakcji, a co za tym idzie oszacowanie ilości produktu reakcji, co jest niemożliwe w konwencjonalnej metodzie PCR.

W przypadku próby pozytywnych podajemy wartość CT. Jest to moment wejścia reakcji w fazę logarytmicznego przyrostu ilości produktu. Im niższe CT tym większa początkowa ilość kopii badanej sekwencji w próbce.

W naszym laboratorium większość kierunków jest wykonywana metoda Real-Time PCR.
Informujemy, że nie wykonujemy oznaczania liczby kopii badanej sekwencji.

Sekwencjonowanie DNA to technika służąca do odczytywania kolejnych nukleotydów w cząsteczce DNA przy pomocy zautomatyzowanych sekwenatorów

Współpracujemy z renomowanym, międzynarodowym laboratorium w zakresie sekwencjonowania materiału genetycznego. Możliwość wykonania przykładowych badań:

  • analiza filogenetyczna wirusa IBV
  • sekwencjonowanie Adenowirusa
  • sekwencjonowanie Reowirus
  • sekwencjonowanie wirusa wywołujące chorobę Gumboro
  • sekwencjonowanie astrowirusów

Kontakt


Jarosław Wilczyński
Kierownik laboratorium


Aleksandra Sołtysiak
Asystent

Do pobrania

  • Zlecenie do badań mikrobiologicznych i PCR Pobierz
  • Instrukcja pobierania materiału na karty FTA Pobierz